Se contribuye con el proceso de reconciliación nacional a partir de promover el conocimiento, apropiación, cumplimiento y seguimiento de las Recomendaciones de la CEH contenidas en el informe Guatemala Memorias del Silencio, y la ejecución del Programa Nacional de Resarcimiento.

A partir de la entrega del informe de la CEH, en 1999. El CIIDH ha planteado diferentes acciones desde la sociedad civil a manera de que el Estado asuma su responsabilidad de resarcir el daño causado durante el enfrentamiento armado interno.

Los preceptos de Verdad, Reparación y Justicia que han guiado el trabajo del Área de Verdad y Justicia del CIIDH durante los últimos años, se ven reforzados por las iniciativas presentadas ante el Ministerio de Educación y la Comisión Consultiva de Reforma Educativa para la implementación de la recomendación #36 de la CEH; y el Programa Nacional de Resarcimiento presentado ante el Organismo Ejecutivo y Legislativo para su aprobación e implementación en beneficio de las víctimas del conflicto armado y del cumplimiento de las recomendaciones del informe Guatemala Memorias del Silencio.

Estas recomendaciones constituyen una serie de sugerencias de carácter moral,  jurídico y político que las hacen vinculantes con las políticas de Estado que contribuyan plenamente a la generación de una cultura de respeto mutuo y de convivencia social en paz con respeto a nuestras diferencias socioculturales, como sustento fundamental en la construcción de la reconciliación.

El trabajo realizado por CIIDH en cuanto a la investigación para ubicar y documentar casos de niñez desaparecida por el conflicto armado, ha significado un gran avance para el tema y particularmente para los familiares y niños afectados por este hecho.

Asimismo se han coordinado esfuerzos con organizaciones internacionales y organizaciones hermanas de otros países que se dedican a la búsqueda de detenidos desaparecidos y en particular con aquellas que hacen esfuerzos en el tema de niñez. A nivel nacional el CIIDH fue el promotor y es fundador de la Comisión Nacional de Búsqueda de Niñez Desaparecida Durante el Conflicto Armado Interno.