La estructura formal del CIIDH establecida en los estatutos de la organización es la de Junta Directiva la cual se reúne una vez por año.
El CIIDH es dirigido por una Coordinación General, un Equipo de Coordinadores de Área y está compuesto por áreas de investigación las cuales están constituidas de la siguiente manera:
- Área de Verdad y Justicia
- Una Coordinadora
- Dos Investigadores
- Área de Derechos Económicos, Sociales, Culturales y Ambientales
- Un Coordinadora
- Dos Investigadoras
- Una Coordinadora Regional
- Un Investigador Regional
- Área de Estudios Fiscales y Presupuestarios
- Un Coordinador
- Cuatro Investigadores
- Unidad de Administración Financiera
- Una Contadora-Administradora
- Unidad de Comunicación social
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